在很久之前，无尽的海面四处充斥着阴谋、杀戮和残骸，成千上万的海贼和雇佣兵们为了利益和名誉在海上相互争斗着。随着海域不断的开拓，广阔大海中所蕴藏的奇珍宝物以及神秘生物也逐步浮出海面，越来越多的新鲜事物和令人兴奋的挑战让海贼们热血沸腾……
就在这个海贼们强势扩张的时代，海贼们的疯狂冒险让世界各地的人群痛苦不堪------海上奇异生物的侵入、海贼们为了生存进行的掠夺、各地人民的暴乱等一系列的事件让统领各个区域的三大国贵族坐立不安。
于是，镇压海贼成为了三大贵族的共同目标，也正为此让曾经格格不入的三大贵族首次联合起来。召集雇佣兵、加强军队的训练、研制神秘药品等等措施统统指向势利最为强大的海贼核心---海贼女王。
海贼们是高傲的，她们不会畏惧眼前的所有的困难艰险，海贼女王也不例外，实力非凡的她面对三大贵族的镇压根本不屑一顾，甚至有点轻蔑敌人的实力，她不仅没有做出任何应对方案，就连对身边频繁发生的奇异事件产生危机感。
再美的花儿也会枯萎，再好的戏也会剧终，这位财富，名声和权力上已无追求、拥有世界上一切的海贼女王最终为自己的情敌付出了代价：在几十年之后，海贼女王惨败给与三大贵族合作的一支强劲的海贼团。三大贵族利用海贼女王及其所拥有的宝藏作为诱饵降服了无数的海贼团，曾经海面上呼风唤雨的海贼们现在基本都刺死在深海之中……
正在三大贵族在为成功而举杯庆祝的时候，关押在海贼女王的地点突然发出了刺眼七彩光芒，随着光芒的褪去，海面上呈现了之前在深海之中死去的海贼影像。
“这是海市蜃楼，还是死去的海贼们又复活了？”三大贵族的国王还没有完全从喜悦的氛围中走出来就被眼前的景象惊呆了。
为了调查清楚原因，三大贵族斥大量的人力和物力调查处理此事，但是除了发现海面上漂浮着大量类似精灵的肉体之外没有任何收获……三大贵族对这些精灵肉体进行研究，发现了惊人的现象-----这些肉体是有生命的，而且可以吸收人的能力并将其加强释放……
随着三大贵族对肉体的精心照料和研究，肉体们已经可以行动和进行战斗，但肉体的探索越深入，之前发生在海面上的奇异现象越让三大贵族们感觉到不安，“这个东西到底与海贼有什么关系？那时出现在海面上的残影又去了何方？海贼们难道重生了？”各种问题每天都让三大贵族们苦恼。
为了弄清事情真相，三大贵族经过商议决定重新开放自由海线，响应人们前往无尽的大海冒险，去寻找宝藏、去追求理想，并承诺将会给予新发现的肉体
以及财力支持，期望以此来观察沉寂许久的那些神秘海域的变化，并且能从中找到他们想到的答案。
为了避免出现第2个“女王”的诞生，三大贵族一方面假意帮助新时代的海贼们提升能力，另一方面又四处派出强悍的雇佣兵和凶悍的猛兽对其阻拦和监控，试图将新大海贼时代的海贼们完全掌控，就这样一场伴随着阴谋和万险的新寻宝旅程开始了……
三大贵族根据“上一代”海贼们上的探索海线设置了开放的航海区域，即将踏上海程的海贼们，将会以最直接最快速的方式被引入曾经海贼最密集的神秘海域区，这无疑是对新海贼们打了一支强效的兴奋针，带着对海上激情的向往和对神秘海域的好奇欲望，众多的新海贼们通过三大贵族踏上新航程……
由于这几年海贼在海域上的减少，之前海面形成的生物链被打破，曾经被上一代海贼们掠杀的妖魔猛兽在没有海贼威胁的几年中得到了迅速的发展，各种
小势利已经在不同的海域及岛屿上形成，此时的神秘海域较之前显得更浑噩不堪。
根据三大贵族的提供的开放信息来看，新时代海贼的航线是从迷雾海港出发，穿过红谷峡谷到达无风海域，然后借助无风海域边缘地带的漩涡群进入海底密林，从海底密林可以到达万骨岛屿群，通过岛屿群中的东风洞口就可以直接借风势到达传说中的神秘海域。
第一章， 风の涂龙
风の涂龙是之前三大国王为了控制海贼而安排在近海岸的异兽，由于这次对航海的重新开放，三大国王只能忍疼将这个曾经立下汗马功劳的“将臣”铲除掉。三大国王以“验证实力”为借口让新海贼们前往迷雾海港深处将风の涂龙消灭，涂龙命运堪忧……
但是之前由于三大贵族的扶持，风の涂龙在迷雾海港处早以形成了属于自己的势利，众多的妖兽以及流落的雇佣兵被涂龙安置到海雾海港的每个角落，若想消灭他并非易事。
三大国王为了能有个好的开端，纷纷派出了各自得力的手下帮助新海贼。
第二章， 血谷
在新海贼和三大国王的联手形成强劲的攻势下，风の涂龙最终还是被击败至寒冷的深海之中。
得知の涂龙消灭的喜讯后，三大国王甚喜，通过电话虫对新海贼给予了鼓励和支持，并让其前往血谷正式踏上新航海征程。
血谷原本是大城区外围的普通峡谷，多年之前众海贼为了解救被抓获的海贼女王，与三大国王在此处进行激烈的搏杀，随着数以万计的生命结束，大量的鲜血将这片海域彻底的染成了鲜红色，经过时间的流逝，峡谷两侧的山石吸收了海域上的鲜血形成了红山谷。
战争结束后，之前在这里战斗重伤未死的那些海贼们苟活了下来，他们将死马的四肢抛开来替换自己失去的双腿，用峡谷中的野果来维持生命，随着风霜日晒和痛疼的折磨，这些曾经叱咤风云的精英们从表面上俨然更像是一个个的怪物，但是他们内心依然存放着对海贼女王的牵挂和对三大国王的咬齿疼恨。
半人马希萨就是意志最为强烈的“幸存者”，在此受伤的的海贼们大部分均是由她救活并鼓励活下去，在这片用鲜血染成的峡谷中，希萨无疑是众多“怪物”的精神领袖。
听说三大国王势力下的新海贼们要经历这，这群“怪物”心中那份强烈的复仇欲望沸腾了，血谷上的海贼们均均摩拳擦掌，等待着期盼许久的复仇……
第三章， 鱼眼之壁
可能是常年的营养缺乏，也可能是“肉体”的能力表现，血谷上的这群复仇猛士们被新海贼和三大国王无情的绝杀了，血谷又一次被新鲜的血液给浸湿，“半人马”也带着那颗不羁的心永远的埋在了这片红色土地下。
新海贼们兴致高昂的沿着新航线前往下一个地点----鱼眼之壁，在途中魔法国的国王电话虫与各位新海贼们密详：原来，之前有位实力非凡的战士国干部暗杀魔法国国王未果，并被魔法国的人追到此处藏匿起来，魔法国国王一气之下用魔法在此处设下了密密麻麻的鱼眼来监视寻找她，几年过去，却依然未发现那位战士国的干部。后来随着三大国的联合，此事也就就没在被提过，但是魔法国国王却一直没有忘记这个曾经差点将自己暗杀的人，这次与新海贼们的密祥，就是魔法国国王亲自前来委托各位新海贼帮忙留意这位刺客的行踪，一旦发现立即处死！
那位战士国的刺客叫斑雅，现在也的确还在这片山壁之内，因为外围四处都有鱼眼的监视，她只能在山壁中小范围活动，这么多年的忍受对她来说无疑是比死更痛苦的煎熬，正是那个没有完成的刺杀任务让她在这里一日日的等待……
新海贼们与魔法国国王一起全速航行着，鱼眼之壁此时显的格外的安静……
第四章， 海民森林
由于魔法国国王的现身勾引，斑雅冒险对其暗杀，但是被埋伏在后面的新海贼们降服。这次斑雅再也无法逃逸了，或许对她来说，被抓获也是一种解脱。
送走魔法国国王后，千万新海贼气势浩荡的继续向前进发，前方的海域死寂一片，航行数日的新海贼们需要一定的补给，而海民森林则是补给的不二选择。
海民森林是一个中立之地，这里的村落以造船、零售和捕鱼为生，村民不与任何势力勾结关系，一直很和谐的生活。但自从血谷战役之后，血谷产生的大量垃圾和血水对这里的渔业生产带来了致命的破坏，海民森林的村落为此损失惨重。从那以后，这里的村民便开始仇恨海贼和三大贵族，他们的首领下令
停止了对外的船舶出售和零售业务，封闭起来加强种植业和进行训练，企图有朝一日能将各大势力全部剿灭，来还世界一片安宁。
海民森林村落人民心态的变化，三大贵族和新海贼们全然不知，他们没有任何带着轻松的心情进入了这片“黑暗森林”
第五章， 海眼氯洞
在海民森林中，新海贼们受了一次大挫伤，暴怒的海民们经过训练后的实力超过他们的想象，幸好机械国国王带兵前来帮忙才得以镇压住这些海民的疯狂攻击，新海贼们重新整顿后带着海民森林村落的存粮与机械国国王一起前往下一点-----海眼氯洞。
其实，机械国国王来到海民森林本意并不是来帮助其镇压解围的，而是为了向新海贼们交代海眼氯洞的相关事宜。前方的海域由于深海中有众多的的海洞，所以在海面上分布着大大小小的漩涡，从上空看就跟一个个的海眼一样。
当初机械国与魔法国联合再此设下陷阱埋伏海贼，机械国负责在海底制造海洞形成漩涡，魔法国负责施法召唤氯怪看守。但前几日，机械国的巡逻探子称在此处发现了类似龙卷风样的生命体，为了以防万一，机械国国王才亲自过来派人将海底海洞的机关关掉，并嘱咐新海贼要再三小心。
新海贼们在此处海域上小心航行着，虽然机械国关掉了海底的机关，但是仍能感觉到海面异常的晃荡，海面上散布的氯气让他们体力下降、呼吸困难，新海贼们艰难的在海上航行着……
第六章， 海滨咖啡店
机械国国王很安逸的邀请大家前往其国家在大航海上开设的咖啡屋休息，称此咖啡屋自从上一次大海战期间就存在了，是原本为了方便机械国海员休息而设置的一处小店。
身心疲惫的小伙伴们目前正需要这么一处栖息地好好休息一下，自然是全速前往……到达咖啡店地界，小伙伴们都惊呆了，这简直就是室外桃园的说~正在大家伙兴致勃勃的大步走向咖啡店时，一位不速之客突出出现冒了出来，这位正是双剑克兰，她很激动的让大家停止向前……
同行的伙伴们自然是不理此人，特别是机械国的士兵断定此人为不怀好意之人“这可是机械国的店，怎么可能有问题”小伙伴们不屑的继续前行。
刚走没多久遇到了咖啡店的老板娘，老板娘的热情让大家如似归家的感觉，这时双剑克兰又出现了，当面指证老板娘的罪行，真是不可思议，这得有多大的仇恨才能让一个人如此固执……双剑克兰表现的还是那么激动，与老板娘在争吵的过程中跑掉了，老板娘也立即追了过去。
小伙伴们不解的继续想咖啡店走去，但是咖啡店的却一直没有出现在前方，在路边战士国的士兵发现了奄奄一息的双剑克兰，双剑克兰利用最后一口气跟大家讲述了关于咖啡店的一切，原来老板娘是海贼女王的故友，当初帮助机械国打理这个店也是为了获取三大贵族的情报信息……
小伙伴带着真相快速的前往咖啡店，老板娘显然已经知道大家知道真相的事情，便想一不做二不休将大家处理掉来保守秘密。
但是显然老板娘的能力还是不给力的，逐渐强大的小伙伴们最终还是将其降服。
第七章， 沉沦之变
咖啡店一战让机械国很国王很难堪，以此让其对周边所有的上开设店都心存怀疑，以致让整个人都失去了理智-----大总统下达命令要求将所有周边的开设店都剿灭，以防后患，小伙伴们在船长的的坚持下断然的拒绝执行命令，大总统愤气而去……
小伙伴们一行在“沉沦港湾”小息一下，准备择日重新踏入新航海航线。一位机械国有名的中级官员前来汇报称大总统刚刚下令要求绞杀小伙伴们~~这下小伙伴们都惊呆了，想想即将赶来的精英部队，们，小伙伴们处于自意识开始沿着海港逃亡。
途中偶遇56号，56号见小伙伴们惊慌失措便问原详，小伙伴们将事情的来龙经过大致说了一下，56表现不可思议，因为她刚从大总统那回来，感觉并没有这么一回事~~这下小伙伴都不知所措了~~不知该相信谁~~
正在大家犹豫不定的时候，大总统出现在了大家的面前，这样周边的气氛开始凝重起来，大总统蛮脸的怒气，正在双方将要出手时，56号出现制止了=。=
并帮助双方重新理顺思路，经过双方一系列的沟通，真相逐渐浮现出来：一切均是贡纳・欧美尔精心制作出来的骗局，她一方面与小伙伴撒播大总统要绞杀他们的假消息，让小伙伴惊慌失措的逃脱到目标点，另一方面再到大总统那报告小伙伴莫名潜逃，这样就可以让双方混战起来，真是好棋啊~~
为了弄明白欧美尔这样做的原因，小伙伴打算将错就错，前往目标点找欧美尔问清楚。见到欧美尔以后，欧美尔以后小伙伴们身受重伤，并自信的将真相说出来：原来欧美尔与咖啡店老板从小就是拉拉恋人，得知老板娘遇难的消息，欧美尔发誓报仇，于是便预谋了这个计划~~
当欧美尔说完之后，按捺很久的小伙伴一举将其拿下~~
第八章， 海市蜃楼
连续几日都与机械国在纠缠，战士国和魔法国的小喽啰们有点心里不平衡了，正在此时，战斗国国王出现了~神将称很多海贼团在前面的海域莫名的消失了，觉的前面有蹊跷，便来此跟小伙伴提个醒。
收到神将的忠告以后，小伙伴们在航行的途中甚是谨慎……小伙伴在海域上发现前方有一个奇怪的人渐隐渐现~~过了许久后，这个神秘人顺着海流飘到小伙伴旁~此人称是遇难的海贼叫索内特，求收留~~
小伙伴们看不过去便暂且将其收留……
随着航线的推进，海面上的雾气越来越大了~索内特突然来精神一样要帮大家指路，称前方危险应该绕行~小伙伴半信半疑的信其改了航线……
小喽啰们好像感觉不对，便私下议论上，战士国喽啰称好似在哪见过索内特，但是一时想不起来……周边的气氛越来越凝重了，感觉每个人的呼吸都能听到一样。
战士国喽啰猛然想起来索内特是谁~是说曾经在国内通缉令上看过此人！大家立即四处寻找索内特，但却只闻其声不见其影~~
一阵邪恶的笑声过后，两个人的对话清晰浮现，阿林出现……
